V současnosti vyvíjené odběrové sady pro PCR testy zkoušíme v terénu

Peter Bauer, ředitel české firmy Bioinova, která pracuje na covidovém testu urychlujícím PCR testy, v rozhovoru říká: „Pracovali jsme na zjednodušení procesu a současná verze našeho roztoku nevyžaduje další chemický ani fyzikální zásah. Vzorek je připraven pro PCR reakci přímo v odběrové sadě. Celkově ušetříme zejména menším laboratořím až hodinu a půl a náklady na práci personálu a izolační kity nezbytné u dosavadních standardních metod. Výrazně se proto mohou zvýšit testovací kapacity laboratoří.“

LIDOVÉ NOVINY: Jak to vypadá s vámi vyvíjenými odběrovými sadami pro PCR testy?

BAUER: Blížíme se k závěru jejich vývoje. Již v květnu jsme na tento projekt žádali o podporu v rámci programu ministerstva průmyslu a obchodu Chytrá opatření proti covid-19. Naše žádost bohužel neuspěla. I proto se nám prvotní vývoj trochu protáhl. Nicméně to po chemické stránce už máme zvládnuté, nyní odběrové sady testujeme v terénu.

Spolupracujeme se sítí laboratoří a odběrových míst, kde odebírají vzorky do standardního setu i do našeho. Následně porovnáváme záchyt pozitivních vzorků. Do našich setů se odebírá z nosohltanu i ze slin. Metoda bude v podstatě umožňovat odběrovým týmům vybrat si jednu z variant.

LIDOVÉ NOVINY: Co je hlavní devíza metody?

BAUER: Při zpracování vzorků je možné některé fáze úplně vynechat, v tomto případě izolaci nukleových kyselin, tedy RNA. Do první verze našeho roztoku bylo třeba v laboratoři nejprve přidávat neutralizaci a až poté mohl být analyzován pomocí PCR. Pracovali jsme na dalším zjednodušení procesu, takže současná verze našeho roztoku nevyžaduje žádný další chemický ani fyzikální zásah. Vzorek je tedy připraven pro PCR reakci přímo v odběrové sadě.

Navíc jsme zjistili, že krátká centrifugace v standardní stolní centrifuze, kterou je vybavena každá laboratoř, citlivost testu ještě zlepší. Celkově ušetříme zejména menším laboratořím až hodinu a půl a náklady na práci personálu a izolační kity, které jsou u dosavadních standardních metod nezbytné.

Výrazně se tak mohou zvýšit testovací kapacity laboratoří. Důležitým aspektem chemického složení našeho roztoku je, že v něm dochází k rozpadu virů, tudíž je vzorek neinfekční, a uvolnění RNA. Zároveň roztok zabezpečuje dlouhodobou stabilitu jinak velice nestabilní RNA a vzorek je vhodný pro PCR testování i několik dnů po odběru.

LIDOVÉ NOVINY: V každé laboratoři?

BAUER: U velkých laboratoří, které mají k dispozici robotické izolátory nebo prostředky na jejich nákup, nemusí být úspora času tak významná, nicméně mohou použitím našich odběrových setů ušetřit nemalé prostředky například na spotřební materiál pro tyto izolátory.

I automatizované postupy však mají nevýhody. Například problém s přívodem chemikálie může znehodnotit celou izolovanou sadu, která obsahuje desítky vzorků. Naše řešení cílí primárně na laboratoře s limitovaným přístrojovým vybavením nebo na ty, které nemají prostředky na nákup drahých automatizovaných izolátorů. Využití naší metody nevyžaduje žádné speciální vybavení.

LIDOVÉ NOVINY: Jak metoda zvýší kapacitu?

BAUER: Odstraněním nutnosti izolace z celého procesu ji třeba u nás zdvojnásobíme. Laboratoř je tak limitována v podstatě jen počtem PCR přístrojů.

LIDOVÉ NOVINY: A PCR cyklerů je na trhu dostatek?

BAUER: Díky zvýšené poptávce může být jejich nákup problematický, ještě před pár týdny byly nedostatkovým zbožím. Výrobci však již na situaci reagují navýšením výroby, takže se dostupnost na trhu zlepšuje. Hodně z evropské výroby teď dokonce míří i do Asie.

LIDOVÉ NOVINY: Konkurenční prostředí je běžné?

BAUER: Na jaře, kdy se testovalo relativně málo, jsme byli lehce zaskočeni konkurenčním bojem laboratoří o vzorky. Teď už to nevidím, všichni mají spíše snahy si pomáhat. Spolupráce s laboratořemi a odběrovými místy teď funguje dobře. Vzájemně si při nedostatku materiálu nebo kapacit pomáháme, celý obor se během epidemie semkl.

LIDOVÉ NOVINY: Jak to teď na mezinárodním trhu vypadá? Omezily země vývoz, aby si chránily strategický materiál?

BAUER: Pandemie zastihla řadu zemí nepřipravených, proto reagovaly zákazem vývozu některého strategického materiálu. Na jaře to bylo evidentní, šlo především o ochranné prostředky a spotřební materiál. Přístrojové vybavení jsme konkrétně my ještě příliš neřešili, šlo si ho vypůjčit. Tato omezení již pominula a s materiálem není problém. Výrobci už před druhou vlnou věděli, do čeho jdou, a distributoři se zásobili. Navíc se výrazně zvýšila tuzemská výroba, z níž také hodně čerpáme.

LIDOVÉ NOVINY: I vy jste se podíleli na testování „covidových“ vzorků. Vzešla myšlenka testovací proces urychlit z pracovního provozu?

BAUER: Ano. Měli jsme tu na začátku jeden PCR cykler, který jsme používali na kontrolu kvality léčivých výrobků na bázi kmenových buněk, které vyvíjíme a testujeme, což je primárním zaměřením společnosti Bioinova. Samozřejmostí byla i biohazard laboratoř. Při testování jsme zjistili, že nejvíce času zabírala manuální izolace vzorků, tedy jejich příprava na testování. Hledali jsme řešení pro urychlení analýzy vzorků a začali jsme na tom i s naším externím týmem pracovat.

LIDOVÉ NOVINY: Je váš roztok virucidní? Zbavuje vzorky infekčnosti?

BAUER: Virucidita během testů po hodině klesla o téměř 70 procent a později se dostala téměř na nulu.

LIDOVÉ NOVINY: V tom případě asi bude snaha začít jej rychle a masově vyrábět. Máte na to kapacity?

BAUER: Na tom právě pracujeme. Vlastními výrobními kapacitami jsme schopní produkovat stovky až nízké tisíce setů denně. Poptávka ale může být vyšší. Ohledně toho nás čeká jednání s obchodními partnery. Designujeme odběrový set tak, aby se odebíralo rovnou do malých ampulek kompatibilních se stolními centrifugami, aby se počet úkonů v diagnostické laboratoři snížil na minimum. Řešíme i potřebné úpravy výrobních linek.

LIDOVÉ NOVINY: Pokud všechny testy vaší metody dopadnou dobře, kdy se jí můžeme dočkat v terénu?

BAUER: Tak rychle, jak to jen bude možné. V této chvíli začínáme připravovat potřebné dokumenty pro Státní úřad pro kontrolu léčiv. Kdy ale budeme schopni skutečně ve velkém produkovat naše odběrové sety, to nedokážu přesně říct. Nerad bych uvedl nějaký termín, který by z nějakého důvodu nemohl být dodržený. Vše se včas dozvíte.

LIDOVÉ NOVINY: Máte dlouholeté vědecké zkušenosti z Japonska a USA, tedy zemí, které si covidem procházejí značně odlišně. Jaké signály dostáváte od svých bývalých kolegů za oceánem?

BAUER: V USA je to odlišné stát od státu. Působil jsem na Floridě, kde je tradičně touha být co nejsvobodnější. Je také známá svou starší populací, ale právě tato vrstva se zvládla dobře izolovat, mnoho z nich například žije ve vlastních komunitách lidí nad 55 let. Vnímám dva tábory – zastánci a odpůrci omezení, kteří si to dokážou pořádně spočítat, třeba na sociálních sítích. Američané jsou zvyklí, že jim stát do života příliš nezasahuje. Na Floridě se proto opatření zaváděla do praxe relativně těžko.

Žil jsem ale tři roky také ve Washingtonu, kde je to údajně s dodržováním nových pravidel mnohem lepší. Informace z jiných států, například z Nebrasky, zase uvádějí, že tamní obyvatelé opatření spíše odmítají. Tak si vyberte… Navíc se zdá, že v USA se opatření stala zbraní v kulturní a předvolební bitvě.

LIDOVÉ NOVINY: Japonsko je trochu disciplína…

BAUER: Je. Populace je tam obecně sice starší, ale také o dost zdravější. Je to díky výživě, na druhou stranu je trápí stres spojený třeba s přepracováním. Japonci ale disciplinovaní jsou, navíc roušky nosí po desetiletí. Chrání se jimi i před běžnými respiračními infekcemi. Velká část populace roušky nosí i preventivně anebo kvůli znečištěnému ovzduší.

LIDOVÉ NOVINY: Co jste si zatím odnesl o covidu za poznatky?

BAUER: Nejsem virolog, imunolog ani epidemiolog, považuji se za molekulárního a buněčného biologa. Proto bych své poznatky charakterizoval jako pozorování lehce poučeného laika. Tento typ koronaviru se jeví hodně nevyzpytatelný. Zatímco na jaře to vypadalo, že je velmi virulentní, v průběhu léta jsme pozorovali snížení nakažlivosti, kdy k přenosu nedocházelo ani v případě nejbližších rodinných příslušníků. Nižší virulence však neznamená, že se vir stal méně nebezpečným.

V současnosti mi připadá, že jsme s nakažlivostí někde mezi. Těžko se ale mně jako „poučenému laikovi“ definují příčiny těchto změn. To je otázka pro odborníky v jiných oborech, jestli za to můžou mutace ve virovém genomu, dosažení určité imunity v populaci, nebo třeba proticovidová opatření a s tím spojené povědomí lidí o ochraně a prevenci šíření nákazy na pracovištích i v domácnostech.